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NCBI查找基因实例 某个菌属下所有菌种的某个基因∷柳城


来源:澳门葡京      发布时间:2019-11-26 08:04     点击率:

  某个菌属下所有菌种的某个基因,这个标题有些拗口,先来解释一下。其实应该叫做:在NCBI查找 某个属下所有种的某个基因。比方说 稻属:光稃稻、粳稻、阔叶稻、糯稻、籼稻等。这里的实例分析是用某个菌属做为例子的。

  如:Erwinia (包括有一百多个菌种,中文名:欧文菌属/欧文氏菌属)。基因名关键词名:16s rDNA再具体一点的题目就叫做,查找 Erwinia菌属下所有种的16s rDNA基因这个方法扩大的科下的所有种也是同样有效的。我当然没试验,有兴趣的就去试试。实例分析过程第一步:进入NCBI,用Erwinia关键词搜索,数据库选择Taxonomy(见图1左)。结果显示Erwinia属下包括了好多的种(见图1右)。

  第二步:点击第一个链接Erwinia(图1右,红色圈住的)。进去后可以看到Erwinia的taixid是551(见图2左)。由图2右可知,Erwinia菌属下有137个的菌种,1048个核酸序列。而单独Erwinia只有2个核酸序列。

  第三步:点击Subtree links下1048的链接,就可以显示Erwinia菌属下所有的核酸序列了,自动分配的关键词为 txid551[Organism:exp] (见图3左)。我们来看看单独用关键词 txid551 来搜索,结果显示为2个(见图3右)。

  这说明:txid551关键词搜索的结果是 Erwinia的2个核酸序列。而加上 [Organism:exp] 就表示包含 Erwinia菌属 下所有种的序列。那以后你只要记住这个关键词就行了:txid551[Organism:exp] (551换为你需要的物种txid,如小鼠的10090。可通Taxonomy数据库搜索,见第一步。后面的[Organism:exp]是可选的。)图3左,点击图片放大图3右,点击图片放大

  用关键词:txid551[Organism:exp] 16s rDNA (结果见图4左,结果为53个,但明显有好多并不是我们想要的结果)用关键词:txid551[Organism:exp] 16s rDNA(加个双引号,结果见图4中,为11个。大大缩小了范围)这说明:没有用双引号时会把16s 跟 rDNA都当作关键词,就是说16s 或 rDNA 或 16s rDNA的意思。加上双引号就是表明只有16s rDNA 一种意思了。再来个对照关键词:erwinia 16s rDNA (结果见图4右,结果为15个。多了几个干扰的结果,如第一个FJ544326。物种名是Erwinia chrysanthemi。但不是Erwinia菌属的。只是包含有erwinia这个关键词)这说明:用关键词 txid551 跟 erwinia 是有区别的。txid551更加精确。erwinia的搜索有可能把含有erwinia这个词都会当作结果。图4左,点击图片放大图4中,点击图片放大

  说明:如果这不是最终想要的结果,再继续换其它的关键词。直到满意为止。另外,我只提供方法,结果对错自行判断。

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  [回复]Lc. 回复: 九月 16th, 2009 at 09:28我一直都在写基因的...多来关注就知道了.最近少写而已. 不过我已经在首页和RSS排除了这些文章 :lol:[回复]

  Lc. 回复: 九月 16th, 2009 at 09:30呵~不懂就略过..其实跟你们是一样的,我也是在介绍网站跟软件...不过这些网站跟软件对学生物的有用而已..你们介绍的就是所有的网民都会感兴趣的...[回复]

  goupigao Says: 十月 15th, 2009 at 16:25好东西,我刚开始做分子方面的东西,也有自己的个人博客,以后会在上面写一些生物技术方面的文章,能交换链接吗?

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