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二代测序技术为什么可以分析表达谱变化


来源:澳门葡京      发布时间:2019-12-21 01:40     点击率:

  Q-PCR 基于内参基因的表达 来定量你关注的基因的表达量(通过荧光信号强度判别)

  芯片 分为2种,第一种基于基因3‘UTR 进行杂交 通过信号判别基因的表达量,第二种在基因的所有区域都设计探针,基于杂交 判别基因表达量(这种更准确,因为基于3’UTR可能因为3‘UTR区域的缺失造成基因表达量计算降低。

  二代测序 其实二代测序和芯片第二种差不多,因为二代测序会测到很多reads,基于mapping到基因上的reads数目,来计算该基因的表达量,也就说基因表达量越高,那么在该基因上的reads数目也就越多,由于测序的样本间的数据量可能不一样且基因的长短也不一样(越长测到的reads数目应该更多),一般引入一个概念FPKM- Fragments Per Kilobase of transcript per Million fragments mapped,即将基因长度均一化到1000bp将测序reads数目均一化到1M个。

  从原理上可以看出两种方法:1,基于内参基因的表达量,来判别关注基因的表达量 2.基于多杂交数目或测序read均一化计算关注基因的表达量。

  在最近的nature biotech上发现两种分析方法分析结果是一致的,且芯片和二代测序结果也是一致的。

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